せどりの確定申告｜在庫が経費にならない仕組みと、20万円の線

せどりを始めて最初の年末、たいていの人が同じところでつまずきます。

仕入れた金額が、そのまま経費になるわけではないということ。ここを知らないと、税金の計算が大きく狂います。

この記事では、副業でせどりをしている会社員が、確定申告で押さえておくところを順番にまとめました。数字の例も入れています。

なお内容は2026年8月時点のものです。制度は変わるので、最後は国税庁のページか、住んでいる地域の税務署で確かめてください。

確定申告が必要になる線はどこか

会社員の場合、給与以外の所得が年20万円を超えたら、所得税の確定申告が必要です。

ここで大事なのは、20万円が売上ではなく所得だということ。売上から経費を引いた、残りの金額で判断します。

売上が100万円でも、仕入れなどの経費が85万円なら所得は15万円。この場合、所得税の申告は要りません。

ただし、ここに落とし穴があります。

20万円以下でも、住民税の申告は必要です。20万円のルールは所得税だけの話で、住民税には金額の線がありません。

所得税の確定申告をすれば、その情報が市区町村に回るので住民税の手続きは要りません。申告しない場合だけ、自分で市区町村に申告します。

もうひとつ、見落としやすい話があります。

医療費控除やふるさと納税で確定申告をする年は、副業の所得が20万円以下でも一緒に申告します。20万円のルールは「確定申告をしない人」向けの決まりだからです。

せどりでいちばん誤解されるのは「在庫」

ここが本題です。

仕入れたお金は、支払った年にまとめて経費になる、と思っている人が多い。実際は違います。

経費になるのは、その年に売れた分の仕入れだけ。売れ残った在庫は経費ではなく、資産として次の年に持ち越します。

計算式にすると、こうなります。

売上原価 ＝ 年初の在庫 ＋ 1年の仕入 − 年末の在庫

数字を入れてみます。1年で100万円分を仕入れ、年末に40万円分が売れ残ったとします。

項目	金額
売上	120万円
1年の仕入	100万円
年末に残った在庫	40万円
経費になる仕入（売上原価）	60万円
差し引き（ほかの経費を引く前）	60万円

手元の現金は減っているのに、帳簿の上では60万円の利益。ここに税金がかかります。

つまり12月に大量に仕入れても、節税にはなりません。売れていない分は経費にならないからです。

売れているのにお金が残らない、という状態の正体はここにあります。仕組みは1個売れていくら残るかの記事にも書きました。

経費にできるもの、できないもの

売れた分の仕入れ以外に、事業のために使ったお金は経費になります。

• Amazonの手数料、FBAの各種手数料
• 納品の送料、梱包材
• 仕入れのための交通費
• リサーチツールや会計ソフトの利用料
• 事業に使った通信費、電気代の一部

自宅の家賃や電気代は、事業で使っている割合だけを経費にします。部屋の面積や、使っている時間で割ります。

割合の根拠は、あとから説明できる形でメモに残しておいてください。「なんとなく3割」では通りません。

逆に、経費にならないものもあります。

• まだ売れていない在庫（上で書いたとおり）
• 自分用に買ったもの、家族と使うもの
• 事業と関係のない飲食代

プライベートと混ざっているものは、事業で使った分だけ。全額を入れてしまうと、あとで指摘を受けます。

領収書やレシートは、原則7年の保存が必要です。ネット仕入れの購入履歴も、画面を保存しておくと安心です。

開業届と青色申告は、いつまでに出すか

青色申告にすると、最大65万円の控除が受けられます。所得から65万円を引けるので、効き方は大きいです。

ただし条件があります。

• 複式簿記で帳簿をつけること
• e-Taxで申告するか、電子帳簿で保存すること
• 期限内（原則3月15日）に申告すること

複式簿記と聞くと身構えますが、いまは会計ソフトが自動でやってくれます。手で書く必要はありません。

気をつけたいのは期限です。青色申告承認申請書は、事業を始めてから2か月以内に出す必要があります。

ここを過ぎると、その年は青色申告が使えません。開業届と一緒に、最初に出しておくのが確実です。

事業所得と雑所得は、何が違うのか

副業の規模が小さいと、雑所得として扱われることがあります。違いは小さくありません。

• 事業所得＝青色申告が使える。赤字を給与と相殺できる
• 雑所得＝どちらも使えない

分かれ目は、帳簿をつけて保存しているかどうか。記帳して残していれば、事業所得として扱われやすくなります。

売上の規模が小さくても、続けるつもりで帳簿を残しているなら、そこは主張できるところです。

会社に知られたくないときの住民税

副業が会社に伝わる経路は、ほとんどが住民税です。

副業の所得が増えると住民税が上がります。給与から天引きされる額が同僚と違うと、給与担当が気づくことがある。

これを避けるには、確定申告書の住民税の欄で「自分で納付」を選びます。副業分の納付書が自宅に届く形になります。

ただし自治体によって運用が違うことがあります。心配なら、住んでいる市区町村の税務担当に電話で聞くのが確実です。

それ以前に、就業規則で副業を禁じている会社もあります。規則の確認は先にやっておいてください。

年末にやること

12月31日の時点で、手元とFBA倉庫にある在庫を数えます。これが棚卸です。

数えるのは3つ。商品名、数量、仕入れたときの単価です。

FBAに預けている分も自分の在庫なので、忘れずに入れてください。在庫レポートを落として、そのまま棚卸表にすると早いです。

この作業を1年に一度だけやろうとすると、かなり重くなります。月末ごとに在庫数を控えておくと、年末が楽になります。

同じ商品を繰り返し仕入れる形にしておくと、この棚卸も簡単になります。種類が少ないほど、数える手間が減るからです。

積み方の考え方は縦積みの記事にまとめています。

よくある質問

赤字でも申告したほうがいいですか。

青色申告なら、赤字を3年間繰り越せます。翌年に利益が出たとき、その分を差し引けるので出しておく価値はあります。

消費税も納めるのですか。

2年前の売上が1,000万円を超えるまでは、原則として納める必要はありません。副業の規模なら、まず気にしなくて大丈夫です。

中古を売るのに許可は要りますか。

転売の目的で中古品を仕入れるなら、古物商許可が必要です。税務とは別の話ですが、こちらも先に確認しておいてください。

帳簿は何を使えばいいですか。

市販の会計ソフトで足ります。事業用の口座とカードを分けて、そこに紐づければ、入力の手間はかなり減ります。

まとめ

せどりの確定申告でいちばん大事なのは、在庫の扱いです。仕入れた分ではなく、売れた分だけが経費になります。

だから年末に在庫を数える必要があるし、12月の駆け込み仕入れは節税になりません。

あとは順番だけです。開業届と青色申告承認申請書を先に出し、口座を分け、月末ごとに在庫を控える。ここまでやれば、年末に慌てずに済みます。

あわせて読みたい

最後に、ひとつだけ。

「利益は出ているはずなのに、口座にお金が残っていない」「在庫をどこまで増やしていいか分からない」「税金でいくら持っていかれるのか読めない」

そんな方は、よければ一度ご相談ください。

いまの売上と在庫の数字を並べて、手元にいくら残る形になっているかを一緒に見ます。

数字を出すだけでも、次に何を変えるべきかははっきりします。

まずは手元の在庫が、仕入れ値でいくらあるかを数えてみてください。